- Rengia Tarnybos metinę finansinę atskaitomybę ir tarpinius finansinių ataskaitų rinkinius;
- vykdo atsiskaitymus su tiekėjais ir mokėjimus pagal kitus Tarnybos finansinius įsipareigojimus;
- tvarko Tarnybos ilgalaikio ir trumpalaikio turto bei įsipareigojimų apskaitą;
- skaičiuoja valstybės tarnautojų ir darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartį, darbo užmokestį, pašalpų išmokas, atostoginius, atlieka išskaitas iš darbo užmokesčio teisės aktų nustatyta tvarka;
- vykdo komandiruočių sąnaudų apskaitą ir komandiruočių išlaidų kompensavimą teisės aktų nustatyta tvarka;
- registruoja apskaitoje ūkines operacijas ir ūkinius įvykius, tvarko Tarnybos apskaitos registrus;
- vykdo Finansų kontrolės taisyklėse nustatytas funkcijas;
- prižiūri Tarnybai skirtų valstybės biudžeto lėšų panaudojimą, tinkamą programos sąmatos vykdymą;
- teikia informaciją ir pasiūlymus Tarnybos vadovams dėl racionalaus ir teisėto Tarnybai skirtų asignavimų panaudojimo;
- dalyvauja rengiant ir įgyvendinant Tarnybos veiklos planus bei Tarnybos nuostatuose numatytus Tarnybos uždavinius;
- pagal Tarnybos administracijos ir kitų struktūrinių padalinių pateiktą informaciją skaičiuoja biudžeto asignavimų poreikį Tarnybos programoms vykdyti;
- konsultuoja Tarnybos struktūrinius padalinius finansiniais klausimais, sudarant Tarnybos veiklos planus, nustatant Tarnybos prioritetinius tikslus ir uždavinius, skaičiuojant ir planuojant lėšų poreikį Tarnybos tikslų ir uždavinių įgyvendinimui;
- teikia informaciją apie Tarnybai skirtų maksimalių asignavimų limitus, koordinuoja jų paskirstymą Tarnybos vykdomoms programoms;
- dalyvauja rengiant ir įgyvendinant investicinius bei Europos Sąjungos paramos projektus;
- pagal kompetenciją Tarnybos vadovams ir atsakingiems struktūriniams padaliniams teikia informaciją apie Tarnybos veiklos plane nustatytų rodiklių įvykdymą;
- rengia metinių programų sąmatų ir metinių programų sąmatų pakeitimo projektus;
- detalizuoja valstybės biudžeto asignavimų panaudojimą pagal Tarnybos vykdomas programas, priemones, finansavimo šaltinius ir ekonominės klasifikacijos išlaidų straipsnius;
- teikia informaciją Tarnybos vadovams, atsakingų padalinių viršininkams apie biudžeto vykdymo rodiklius;
- teikia pasiūlymus dėl racionalaus, teisėto ir efektyvaus valstybės biudžeto lėšų naudojimo;
- teikia Tarnybos metinės finansinės atskaitomybės duomenis į Viešojo sektoriaus apskaitos ir konsolidavimo informacinę sistemą (VSAKIS);
- tvarko iš Europos Sąjungos struktūrinių fondų gaunamų lėšų buhalterinę apskaitą, teikia ataskaitas kontroliuojančioms ir paramą administruojančioms institucijoms;
- rengia ir teikia informaciją apie Tarnybos turtą ir įsipareigojimus inventorizacinėms komisijoms;
- teikia buhalterinės apskaitos informaciją ir rengia ataskaitas pagal poreikį Tarnybos vadovybei, auditoriams, mokesčių administratoriams, kitoms valstybės institucijoms;
- tvarko, saugo, parengia perduoti ir nustatyta tvarka perduoda archyvui pagal dokumentacijos planą Skyriui priskirtus dokumentus;
- informuoja Valdybos viršininką apie nustatytus ūkinės ir finansinės veiklos pažeidimus, teikia pasiūlymus dėl valstybės biudžeto lėšų panaudojimo;
- pagal kompetenciją rengia ar dalyvauja rengiant Tarnybos teisės aktų projektus;
- pagal kompetenciją bendradarbiauja su kitomis Lietuvos Respublikos institucijomis vykdant nuostatuose nustatytas funkcijas;
- vykdo kitas teisės aktuose numatytas funkcijas ir Valdybos viršininko pavedimus buhalterinės apskaitos klausimais.