- koordinuoja svarbių valstybės, branduolinės energetikos ir Tarnybos objektų apsaugą;
- koordinuoja suimtųjų, sulaikytųjų ir nuteistųjų asmenų konvojavimą Lietuvos Respublikos teritorijoje bei organizuoja nuteistųjų asmenų perdavimus (perėmimus) perduodant pagal Europos arešto orderį arba toliau atlikti bausmę;
- nagrinėja ir vertina svarbių valstybės, branduolinės energetikos ir Tarnybos objektų apsaugos planų projektus, teikia siūlymus dėl jų tobulinimo;
- bendradarbiauja su Lietuvos kariuomene, ginkluotųjų pajėgų sudėtyje esančiomis institucijomis, planuoja ir vykdo priemones, susijusias su Tarnybos pasirengimu ginti valstybę karo metu;
- organizuoja ir koordinuoja Tarnybos pajėgų pasitelkimą suteikiant pagalbą kitoms statutinėms įstaigoms;
- analizuoja Tarnybai pavestų uždavinių ir funkcijų įgyvendinimo rezultatus ir rengia ataskaitas;
- teikia Tarnybos Štabo viršininkui pasiūlymus dėl Tarnybos struktūrinių padalinių veiklos organizavimo tobulinimo;
- vykdo svarbių valstybės, branduolinės energetikos ir Tarnybos objektų apsaugos ir konvojavimo funkcijų organizavimo kontrolę;
- vykdo tarnybines užduotis Tarnybos pajėgų sudėtyje susidarius ypatingai ar ekstremaliajai situacijai, dalyvaujant aktyvuoto Tarnybos Jungtinio operacijų centro ir Tarnybos Taktinio operacijų centro veikloje;
- planuoja, organizuoja bei vykdo priemones, susijusias su Tarnybos pasirengimu veikti civilinės saugos pajėgų sudėtyje, įgyvendinant Lietuvos Respublikos civilinės saugos įstatymo nuostatas.
- dalyvauja sudarant Vidaus reikalų ministerijos strateginį ir Tarnybos metinį veiklos planus;
- organizuoja Tarnybos mėnesio darbo plano rengimą, kontroliuoja jo įgyvendinimą;
- rengia Tarnybos mėnesio darbo planų įgyvendinimo ataskaitas;
- teikia metodinę pagalbą Tarnybos struktūriniams padaliniams Tarnybos veiklos planavimo bei organizavimo klausimais;
- pagal kompetenciją teikia ataskaitas dėl Vidaus reikalų ministerijos strateginio ir Tarnybos metinio veiklos planų įgyvendinimo;
- rengia raštų, įsakymų ir kitų teisės aktų, reglamentuojančių Tarnybos veiklą, projektus, teikia siūlymus dėl jų įgyvendinimo bei tobulinimo;
- pagal kompetenciją nagrinėja ir vertina pateiktus derinti teisės aktų projektus;
- pagal kompetenciją dalyvauja Tarnybos ir (ar) tarpžinybinių darbo grupių bei komisijų veikloje;
- rengia medžiagą pasitarimams, komisijų bei darbo grupių posėdžiams;
- pagal kompetenciją nagrinėja Tarnyboje gautus skundus, prašymus ir pasiūlymus;
- įgyvendina įslaptintos informacijos apsaugos organizavimą ir kontrolę;
- koordinuoja administracinių nusižengimų teisenos bei administracinių procedūrų vykdymą;
- organizuoja ir koordinuoja Valstybinio ekstremaliųjų situacijų valdymo plano, Lietuvos Respublikos civilinės saugos įstatymo ir kitų su šio įstatymo įgyvendinimu susijusių teisės aktų nuostatų bei priemonių vykdymą Tarnybos veikloje;
- rengia ekstremaliųjų situacijų valdymo ir tarpžinybinės sąveikos planus;
- rengia dokumentus, reikalingus pretendentų į organizuojamas tarptautines operacijas, misijas, pratybas, atrankai;
- organizuoja pareigūnų, vykstančių į tarptautines operacijas, misijas ir mokymus, atranką;
- organizuoja pareigūnų išsiuntimą į tarptautines misijas (FRONTEX, CEPOL, EGF);
- nagrinėja ir apibendrina tarptautinių operacijų, misijų ir pratybų vykdymo rezultatus, rengia ataskaitas;
- vykdo vidaus kontrolės politikos kūrimo, įgyvendinimo ir tobulinimo organizavimą, koordinavimą ir kontroliavimą;
- pagal kompetenciją dalyvauja formuojant Tarnybos veiklos kokybės rodiklius ir koordinuoja, kontroliuoja jų įgyvendinimą;
- atlieka Tarnybos vidaus kontrolės analizę, vertina Tarnybos vidaus kontrolės atitiktį vidaus kontrolės politikai, teikia pasiūlymus Tarnybos vadovybei dėl vidaus kontrolės priemonių taikymo, rizikų valdymo;
- teikia Tarnybos struktūriniams padaliniams metodinę ir praktinę pagalbą dėl vidaus kontrolės įgyvendinimo;
- Skyrius taip pat vykdo kitus Tarnybos vadovybės pavedimus.